Отмечается, что Намиг Агаларов обвиняется в том, что в 2008–2009 годах находился в составе незаконных вооруженных формирований в Афганистане, Пакистане и других странах. Он участвовал в организации вооруженных засад на военнослужащих Международных сил содействия безопасности, действовавших по мандату ООН, а также в применении дистанционно управляемых взрывных устройств. Кроме того, ему вменяется участие в организации вооруженных нападений на представителей международных организаций и граждан различных стран, выполнявших международные миссии, а также на объекты логистической инфраструктуры.

За минувшие годы Намиг Агаларов, пытаясь избежать ответственности, скрывался в разных странах под различными именами. Также сообщается, что в этот период он занимался пропагандой джихада и радикальных религиозных взглядов.